De populariteit van Halong Bay heeft geleid tot een sterke groei van het aantal cruiseschepen, hotels en toeristische activiteiten. Dit heeft positieve economische effecten, zoals werkgelegenheid en investeringen in infrastructuur. Tegelijkertijd zorgt de drukte voor milieuproblemen, waaronder watervervuiling, afvalophoping en schade aan kwetsbare ecosystemen.
Vooral plastic afval en uitstoot van boten vormen een bedreiging voor de biodiversiteit van de baai. Ook kunnen populaire grotten, stranden en koraalgebieden beschadigd raken wanneer bezoekersaantallen onvoldoende worden beheerd.