De eilanden van de archipel zijn overwegend bergachtig waarbij alleen de kuststrook uit laagland bestaat. Alleen op de twee grootste eilanden, Luzon en Mindanao, zijn uitgestrekte laagvlakten. De belangrijkste bergketens op Luzon zijn de Cordillera Central en de Sierra Madre. Er zijn veel bergtoppen van meer dan 2000 meter, de meeste van vulkanische oorsprong. Veel vulkanen zijn actief. De hoogste berg is de Mount Apu (2954 meter) op Mindanao. De kustlijn is uiterst gevarieerd met rotsen, mangrove en mooie zandstranden. Voor de kust bevinden zich talloze koraalriffen.

Flora en fauna op de Filipijnen
De Filipijnen kent een rijke flora en fauna met een groot aantal endemische soorten. Je vindt er meer dan duizend soorten orchideeën. Grote zoogdieren zoals zeldzame soorten herten en zwijnen worden in hun bestaan bedreigd doordat hun leefgebied steeds kleiner wordt. Door de bevolkingsdruk zijn veel landloze boeren de bergen ingetrokken. Samen met de commerciële houtkap zorgt dat voor grootschalige ontbossing. De nationale parken beslaan nog geen 5 procent van het totaal oppervlak.