Het landschap bestaat voor zo’n negentig procent uit bergen. Waarvan bijna de helft boven de 3000 meter ligt, veelal bedekt met eeuwige sneeuw en ijs. De meeste bergen behoren tot de Tian Shan, 'Hemelse Bergen’ in het zuidoosten. Met 7439 meter is de Jengish Choqusu piek de hoogste berg van Kirgizstan. Slechts een aantal dalen ligt onder de 1000 meter, waaronder het Chuy- en Talasdal en de rand van het Ferganabekken. Kirgizstan heeft ook veel bergmeren waarvan Issyk-Kul het grootste is. Zo’n tachtig grote en kleine rivieren komen uit in dit meer.