De Afro-Aziatische afkomst van de Malagassiër heeft een gecompliceerde maar fascinerende geloofswereld opgeleverd. Met name het geloof in de kracht van de dode voorouders (de razana) die nog steeds ingrijpen in het dagelijks leven, is heel sterk. Zo worden ongelukken toegeschreven aan boze voorouders, die weer gunstig gestemd moeten worden met een offer. Een ander fenomeen is “fady”, taboe. Fady is het geloof in handelingen en gedrag die “gevaarlijk zijn om...” Het kan fady zijn om bijvoorbeeld te praten over krokodillen of om varkensvlees te eten of om een ei direct aan iemand te geven zonder het eerst op de grond te leggen. Tweelingen zijn bij de Antaisaka’s nog steeds een taboe. Tweelingen worden soms gedood of achtergelaten in het bos. “Vintana” is een ander gebruik en heeft te maken met de tijd. Elke dag heeft iets speciaals. Zo is de donderdag de dag voor huwelijken en woensdag de dag voor begrafenissen en famadihana (uitleg volgt hieronder). Vrijdag is een dag voor plezier maar is eigenlijk ook de beste dag voor begrafenissen. Elke dag heeft ook een eigen kleur die ook weer bepaalde handelingen in het leven roept. Maandag is zwarte dag en dan kun je maar beter geen zwarte kleding dragen en geen courgettes eten.

Begrafenisgebruiken zijn talrijk en verschillen van stam tot stam en zelfs van familie tot familie. Het beroemdste ritueel van Madagascar is de herbegrafenis of Famadihana. Het is de meest directe manier om in contact te komen met de overleden voorouders. Tijdens dit ritueel worden alle doden uit het familiegraf gehaald. Om te laten zien dat men nog steeds veel om de overledenen geeft wordt er met ze gedanst en gefeest. Het is een gebruik van de Merina maar ook de Betsileo en een aantal andere stammen hebben dit gebruik aangenomen. De helft van de inwoners hangt ook animistische geloofsuitingen aan. Het animisme is een oergeloof waarbij men gelooft dat alle aardse dingen zoals bomen, dieren of zelfs stenen, een eigen spirituele kracht bezitten.

Vanaf de 18de eeuw was het een komen en gaan van missionarissen. Het protestantisme kreeg als eerste voet aan de grond op Madagascar. Toen de Franse invloed sterker werd, kreeg het katholicisme al snel de overhand. Ongeveer 45% van de bevolking is christen, ongeveer evenveel rooms-katholieken als protestanten. Fianarantsoa is het katholieke centrum van het land. Ongeveer 10% van de bevolking is islamiet, voornamelijk soennieten. Ze wonen met name in noordelijke steden als Mahajanga en Antsiranana waar veel Comoren en Indo-Pakistani’s wonen. Verder is er nog een klein percentage (1%) hindoes en boeddhisten, immigranten uit India en China.