De twee belangrijkste godsdiensten in Japan zijn shinto en boeddhisme.

Shinto is in Japan een inheemse godsdienst en is ontstaan in het verre verleden. Men geloofde in de Kami, geestelijke krachten in bomen, bergen, zee of wind. Het oude volk van Japan eerde deze krachten en leefde in harmonie met de natuur. Later ontwikkelde shinto zich verder en werden ook voorouders, helden en andere personen opgenomen in de Kami. De Kami worden vereerd in schrijnen (Jinja).

Boeddhisme ontstond in India en kwam in het midden van de zesde eeuw via China en Korea naar Japan. Er zijn binnen het boeddhisme verschillende stromingen. Er zijn veel boeddhistische tempels in Japan en veel gezinnen hebben ook boeddhistische altaren in hun huis waar ze hun voorouders vereren.

Veel mensen zeggen tegenwoordig dat ze geen bepaalde godsdienst hebben, maar de meesten nemen deel aan zowel de shinto- als aan de boeddhistische gebruiken. Zo gaan bijvoorbeeld huwelijksplechtigheden volgens shinto-traditie, en zijn begrafenissen meestal boeddhistisch. Verder werd in het midden van de 16e eeuw het christendom naar Japan gebracht door Portugese missionarissen, maar slechts een klein percentage van de bevolking is christen. Ook zijn er aantal nieuwe godsdienststromingen, waarvan vele beïnvloed zijn door een of meer van deze godsdiensten.